아로마 에센셜 오일은 강력한 효능이 있으므로 아동, 정신질환자, 에센셜 오일에 대한 지식이 없는 사람들의 손이 닿지 않는 곳에 보관하는 것이 안전하다.

아로마 요법은 잘못 알고 사용하면 위험할 수 있으므로 주의해야 한다.

에센셜 오일의 경구 투여량 초과시 아동들에게 치명적인 결과를 초래 할 수 있는 오일들이 다수 있다. 우리나라에서 많이 사용하는 오일들만 열거하면 다음과 같다. 바질, 클로브, 유칼립투스, 세이지, 히솝, 오레가노, 윈터그린 등 이다.

유칼립투스나 클로브의 경우 한 스푼이 채 안되는 4ml 정도만 섭취해도 치명적일 수 있다. 에센셜 오일은 점막에 자극을 주기 때문에 구강 투여나 점막에 사용하지 않는다. 프랑스의 경우 의사의 처방하에 희석하거나 캡슐에 넣어 경구투여 하는 경우가 있으나 우리나라의 경우 에센셜 오일을 경구 투여하는 방법을 사용하지 않는다. 가끔 목감기에 걸렸을 경우 꿀물에 유칼립투스 한 두 방울 떨어뜨려 희석해서 마시는 방법을 소개하지만 의사나 전문가의 도움 없이는 사용을 금하고 있다.

아동들이 에센셜 오일을 몇 스푼 정도 마셨다고 판단되면 가까운 독극물 센터나 병원에 도움을 청해야 한다. 마신 병은 확인을 위해 보관하고 어린이에게는 우유를 마시게 한다. 억지로 구토를 유발하려고 하지 말아야 하며 에센셜 오일이 원액이든 희석된 것이든 눈에 들어갔을 경우에 즉시 우유나 캐리어 오일로 세척하고 그 후에 향이 섞이지 않은 비누로 씻는다. 에센셜 오일이 피부 자극을 일으키면 캐리어 오일로 희석하고 마찬가지로 향이 섞이지 않은 비누로 세척한다. 대부분의 에센셜 오일들은 물과 섞이지 않는다.

에센셜 오일의 부작용은 합성약품에 비해 빈도가 훨씬 낮고 덜 심각하지만 항상 주의해서 사용해야만 한다. 에센셜 오일은 가연성이 높기 때문에 촛불, 담배불, 가스쿠커로부터 먼 곳에 두는 것이 좋다. 전구 위에 에센셜 오일을 뿌리는 것도 좋지 않다.

에센셜 오일을 보관할 때는 어둡고, 서늘하고 건조한 곳에 보관하며 일부 오일들은 냉장 보관해야 한다. 일단 개봉한 병은 햇빛과 열을 피해서 냉장보관하는 것이 바람직하다.

몇몇 오일들은 정신과적 문제가 있는 약물 복용이 염려되는 임산부 환자에게 사용되는 경우도 있다. 그러나 임신부에게 처음 3개월 동안에 에센셜 오일을 사용하는 것에 대해서는 아직도 논쟁의 여지가 많다. 친유성(lipophilic) 물질인 에센셜 오일이 태반을 통해 태아에게 전달되기 때문이다(Burfield, 2001). 발락스(Balacs)는 임산부에게 박하류(pennyroyal)의 오일을 피하라고 한다.

그러나 몇 방울의 오일을 넣은 목욕은 태아에게 문제를 일으킬 가능성은 거의 없다고 본다. 메이슨(Mason, 1996)은 첫 임신 24주 동안은 에센셜 오일의 사용을 피하라고 권고한다. 그러나 티란(Tiran, 1996)은 첫 3분기(trimester)동안만 피하라고 권고한다. 그러나 병원의 분만실에서는 분만 중 에센셜 오일을 사용해서 진통효과, 진정효과, 자궁수축을 도와 분만을 빠르게 유도하는 효과가 있어서 아로마 요법이 유효하고 안전하며 즐겁다고 보고하고 있다. 어떤 악성종양의 성장은 에스트로젠에 의존한다. 그러므로 경미하더라도 에스트로젠의 효과를 나타내는 에센셜 오일은 피해야 한다. 그러나 피토에스트로젠(phytoestrogen)을 함유하는 콩제품들은 항암성분을 갖고 있으므로 에스트로젠 자극효과나 에스트로젠 효과를 내더라도 이러한 콩류에서 추출한 에센셜 오일들은 에스트로젠 의존성 종양에 이로울 것으로 생각된다(Wail 198). 에스트로젠 자극효과 또는 에스트로젠효과를 내는 화학 성분들은 스클라레올(sclareol), 비리디플로롤(viridiflorol, sesquiterpenic alcohols), 아네톨(anethole, a phenol methyl ether), 그리고 구체적으로 알려져 있지 않은 모종의 케톤류(ketones)와 시트랄(citral)도 에스트로젠 효과를 내는 것으로 밝혀졌다(Geldof at al,. 1992). 감귤류 오일, 장미, 제라늄, 클라리 세이지 등이 에스트로젠 유사효과가 있다고 알려져 있다. 건강한 사람에게는 더욱 아름답고 행복하게 해주는 오일이 특정 질환에는 금해야 하는 다양성을 가지는 에센셜 오일은 알다가도 모르고 모르다가도 알 것 같은 신비한 물질임에는 틀림이 없다.