거부처분이란 공권력의 행사를 요구할 신청권이 있는 국민의 신청에 대하여 행정청이 형식적 요건불비를 이유로 각하하거나 이유 없음을 이유로 이를 거절하는 희사를 표시하는 것으로 행정청이 국민이 신청에 대하여 어떠한 의사표시도 하지 않는 부작위와 구분됩니다. 거부처분의 경우에는 거부처분취소소송을 제기하여 구제받을 수 있지만 부작위인 경우에는 부작위위법확인소송을 통해 구제에 이르게 됩니다. 다만 행정청이 신청인에 대하여 직접적인 거부의 의사표시를 하지 않았다고 하여도 본인이 거부의 의사를 알았거나 알 수 있었을 때에는 거부처분이 있었던 것으로 본다는 것이 판례입니다.(대법원 1991. 2. 12. 선고 90누5825 판결)

행정청의 거부라 할지라도 공권력의 행사에 대한 거부이어야 하므로 국유 잡종재산의 매각․대부․임대기간의 연장 등 사경제행위의 요청에 대한 거부의 경우에는 공권력의 행사에 관한 거부가 아니므로 이를 행정소송으로 다툴 수 없습니다. 또한 각종 지적공부 등에 대한 기재요구나 수정요구 및 국세기본법상 국세환급신청에 대한 환급거부결정은 행정부 내부적인 사무처리절차에 불과하여 행정소송으로 다툴 수 없습니다.

행정청의 거부에 대하여 신청인이 행정소송을 통해 다투기 위해서는 신청인에게 공권력의 행사를 요구할 신청권이 있어야 하는데 신청권이 있는지 여부는 각종 법규에 신청인의 신청권을 규정하고 있는 경우와 각종 인허가와 같이 신청인의 신청을 당연히 전제로 하는 경우에 인정되는데 구체적으로 어느 경우 신청권이 인정되는지는 여부는 개별적으로 판례를 통해 확인해야 합니다. 판례는 주택건설촉진법상 이주대책자 대상자선정신청 및 특별분양신청의 경우, 교육공무원임용신청 등의 경우에는 신청권을 인정한 반면, 신림훼손 용도변경신청, 도시계획시설 폐지․변경신청, 사업개선명령신청 등의 경우에는 신청권을 부정하였습니다.

거부처분에 대하여 소송을 제기하여 취소판결이 나고 판결이 확정된 경우 행정청은 신청인의 신청을 무조건 받아들여야만 하는가에 관하여 대법원은 행정청의 거부처분을 취소하는 판결이 확정된 경우에는 그 처분을 행한 행정청은 판결의 취지에 따라 이전의 신청에 대하여 재처분할 의무가 있고, 이 경우 확정판결의 당사자인 처분 행정청은 그 행정소송의 사실심 변론종결 이후 발생한 새로운 사유를 내세워 다시 이전의 신청에 대하여 거부처분을 할 수 있고(대법원 1999. 12. 28. 선고 98두1895 판결) 그 취소사유가 행정처분의 절차, 방법의 위법으로 인한 것이라면 그 처분 행정청은 그 확정판결의 취지에 따라 그 위법사유를 보완하여 다시 종전의 신청에 대한 거부처분을 할 수 있다.(대법원 2005. 1. 14. 선고 2003두13045 판결)고 하여 이를 부정하고 있습니다.

대법원은 행정소송에서 가처분을 불허하고 있는 바(대법원 1992 7. 6. 선고 92마54결정), 거부처분에 대하여 급박한 필요가 있는 경우 집행정지가 허용되는지가 문제됩니다. 그런데 대법원은 허가신청에 대한 거부처분은 그 효력이 정지되더라도 그 처분이 없었던 것과 같은 상태를 만드는 것에 지나지 아니하는 것이고 그 이상으로 행정청에 대하여 어떠한 처분을 명하는 등 적극적인 상태를 만들어 내는 경우를 포함하지 아니하는 것이므로, 교도소장이 접견을 불허한 처분에 대하여 효력정지를 한다 하여도 이로 인하여 위 교도소장에게 접견의 허가를 명하는 것이 되는 것도 아니고 또 당연히 접견이 되는 것도 아니어서 접견허가거부처분에 의하여 생길 회복할 수 없는 손해를 피하는 데 아무런 보탬도 되지 아니하니 접견허가거부처분의 효력을 정지할 필요성이 없다고 하여 이를 부정하고 있습니다.(대법원 1991. 5. 2. 선고 91두15 결정)

신청인의 신청에 대하여 행정청이 일정한 처분을 할 법률상 의무가 있음에도 불구하고 이를 거부하는 경우 거부처분의 취소를 구하는 것이 아니라 더 나아가 의무이행을 요구하는 소송을 제기할 수 있는가에 관하여 행정심판의 경우에는 의무이행심판이 규정되어 있어 허용되지만(행정심판법 제4조 제3호) 행정소송의 경우에는 이를 부정하는 것이 대법원의 일관된 태도입니다.(대법원 1997. 9. 30. 선고 97누3200 판결)